Bien que la CBE 1973/2000 ne l'impose pas, ses États membres doivent tenir compte de la jurisprudence des chambres de recours de l'OEB, ainsi que de la jurisprudence des autres États membres (c. 2.2.1). À la différence des art. 53 lit. c et 54 ch. 4 CBE 2000, l'art. 54 ch. 5 CBE 2000 ne s'applique pas aux brevets déjà délivrés le 13 décembre 2007, date de l'entrée en vigueur de la CBE 2000 (c. 2.2.3). L'art. 53 lit. c CBE 2000 reprend la règle de l'art. 52 ch. 4 CBE 1973 et l'art. 54 ch. 4 CBE 2000 celle de l'art. 54 ch. 5 CBE 1973, de sorte que la jurisprudence rendue au sujet des art. 52 ch. 4 et 54 ch. 5 CBE 1973 conserve sa validité (c. 2.2.4). Les règles prévues par l'art. 53 lit. c in limine CBE 2000 — selon lequel les méthodes de traitement chirurgical ou thérapeutique et les méthodes de diagnostic ne peuvent pas être brevetées — et par l'art. 53 lit. c in fine CBE 2000 — selon lequel l'art. 53 lit. c in limine CBE 2000 ne s'applique pas aux produits, notamment aux substances ou compositions, pour la mise en œuvre d'une de ces méthodes — sont de même niveau, l'art. 53 lit. c in fine CBE 2000 (de même que l'art. 54 ch. 4 CBE 2000) ne devant pas être considéré comme une exception à interpréter restrictivement (c. 2.2.5). Selon l'art. 54 ch. 4 CBE 2000 (art. 54 ch. 5 CBE 1973), la brevetabilité d'une substance ou composition comprise dans l'état de la technique pour la mise en œuvre d'une méthode visée à l'art. 53 lit. c CBE 2000 n'est pas exclue, à condition que son utilisation pour l'une quelconque de ces méthodes ne soit pas comprise dans l'état de la technique (première indication thérapeutique) (c. 2.2.6). Selon l'art. 54 ch. 5 CBE 2000 (qui codifie la jurisprudence de l'OEB relative à la CBE 1973 [c. 2.2.11] et qui correspond à l'art. 7d LBI), la brevetabilité d'une substance ou composition visée à l'art. 54 ch. 4 CBE 2000 pour toute utilisation spécifique dans une méthode visée à l'art. 53 lit. c CBE 2000 n'est pas non plus exclue, à condition que cette utilisation ne soit pas comprise dans l'état de la technique (indications thérapeutiques ultérieures) (c. 2.2.7). Selon l'art. 54 ch. 5 CBE 2000, une nouvelle indication n'est pas limitée à une nouvelle maladie, mais peut porter, pour autant que cette indication soit nouvelle et qu'elle implique une activité inventive (art. 52 ch. 1 CBE 2000), sur une substance déjà connue et utilisée dans le traitement de la même maladie (c. 2.2.8), par exemple sur un nouveau dosage de cette substance (c. 2.2.2, 2.2.9-2.2.11 et 3). Ne saurait conduire à une interprétation différente de la CBE 2000 le fait qu'il n'existe pas de norme nationale prévoyant qu'un médecin ne peut en principe pas violer un brevet dans le cadre de son activité thérapeutique (c. 2.2.12).