Selon la jurisprudence, le TAF est, en vertu de l'art. 166 al. 2 LAgr, l'autorité matériellement compétente lorsqu'un producteur d'une denrée alimentaire bénéficiant d'une AOP attaque une décision d'une autorité cantonale basée sur la troisième partie de l'Ordonnance sur les AOP et les IGP, même si la compétence en matière d'exécution a été conférée aux organes cantonaux de contrôle des denrées alimentaires ; le fait que des questions d'hygiène puissent aussi jouer un rôle n'y change rien (c. 1.3.4). De tels cas doivent être traités par la procédure du droit agricole (c. 1.3.5). Le cahier des charges d'une AOP est un acte qui a le caractère d'une réglementation générale et abstraite, même s'il doit faire l'objet d'une décision d'application. Il peut ainsi, exactement comme les ordonnances, faire l'objet d'un examen à titre préjudiciel de sa conformité à la loi et à la Constitution, que ce soit de manière abstraite ou à l'occasion d'un cas d'application (c. 3.2-3.4). Il est en principe autorisé de fixer dans le cahier des charges d'une AOP des exigences de qualité plus strictes que celles découlant du droit des denrées alimentaires (c. 4.4). Si toutefois ces exigences sont dénuées de justification et ne sont pas respectées par une majorité des producteurs d'une région donnée (c. 4.5-4.6), elles ne sauraient être imposées à un producteur particulier sans violer le droit fédéral et, en particulier, le principe de l'égalité devant la loi (c. 4.7). Le Tribunal administratif cantonal n'est pas compétent pour délivrer directement à une fromagerie le certificat lui permettant de faire usage de l'AOP (c. 5.4). Il est par contre compétent pour vérifier l'application des dispositions protectrices des art. 16-17a Ordonnance sur les AOP et les IGP (c. 5.5).