Selon la jurisprudence, le TAF est, en vertu de l'art. 166 al. 2 LAgr, l'autorité matériellement compétente lorsqu'un producteur d'une denrée alimentaire bénéficiant d'une AOP attaque une décision d'une autorité cantonale basée sur la troisième partie de l'Ordonnance sur les AOP et les IGP, même si la compétence en matière d'exécution a été conférée aux organes cantonaux de contrôle des denrées alimentaires ; le fait que des questions d'hygiène puissent aussi jouer un rôle n'y change rien (c. 1.3.4). De tels cas doivent être traités par la procédure du droit agricole (c. 1.3.5). Le cahier des charges d'une AOP est un acte qui a le caractère d'une réglementation générale et abstraite, même s'il doit faire l'objet d'une décision d'application. Il peut ainsi, exactement comme les ordonnances, faire l'objet d'un examen à titre préjudiciel de sa conformité à la loi et à la Constitution, que ce soit de manière abstraite ou à l'occasion d'un cas d'application (c. 3.2-3.4). Il est en principe autorisé de fixer dans le cahier des charges d'une AOP des exigences de qualité plus strictes que celles découlant du droit des denrées alimentaires (c. 4.4). Si toutefois ces exigences sont dénuées de justification et ne sont pas respectées par une majorité des producteurs d'une région donnée (c. 4.5-4.6), elles ne sauraient être imposées à un producteur particulier sans violer le droit fédéral et, en particulier, le principe de l'égalité devant la loi (c. 4.7). Le Tribunal administratif cantonal n'est pas compétent pour délivrer directement à une fromagerie le certificat lui permettant de faire usage de l'AOP (c. 5.4). Il est par contre compétent pour vérifier l'application des dispositions protectrices des art. 16-17a Ordonnance sur les AOP et les IGP (c. 5.5).

Cf. N 580 (arrêt du TF dans cette affaire).

Dans la mesure où la sanction litigieuse (infligée à la recourante par l'Organisme intercantonal de certification [OIC] pour non-conformité majeure au cahier des charges de l'appellation Gruyère AOC) s'inscrit dans le cadre de la réglementation relative à la protection des AOP et des IGP (qui relève du droit public au sens de l'art. 82 lit. a LTF), il convient d'entrer en matière sur le recours en matière de droit public et de trancher, au fond, le caractère de droit public ou de droit privé de la contestation (c. 1.1). La recourante a un intérêt digne de protection à recourir (c. 1.3). Le TF s'appuie sur plusieurs critères (dont aucun ne l'emporte a priori sur les autres) pour déterminer si une contestation relève du droit public ou du droit privé (c. 4.1 et 4.6). En l'espèce, dans la qualification des rapports juridiques entre l'OIC et la recourante, le critère de l'intérêt prépondérant penche légèrement en faveur du droit public, car le système de protection des AOP et des IGP poursuit plutôt un intérêt public (information et protection des consommateurs) (c. 4.2-4.2.4). Le critère de la fonction (ou fonctionnel) (c. 4.3-4.3.9) et le critère de la subordination (ou du sujet) (c. 4.4-4.4.5) n'apparaissent, en eux-mêmes, pas déterminants en raison de la nature de l'activité de certification — qui implique un rapport de subordination — et du système particulier d'accréditation mis en place en Suisse — qui n'emporte en principe pas la délégation de la puissance publique (art. 35 OAccD ; c. 4.3.9). Au final, le critère modal (ou de la sanction) est le plus approprié en ce sens que, lorsque la certification se présente comme une obligation pour commercialiser un produit, elle doit être considérée comme relevant du droit public dès lors que le fondement légal de cette obligation réside dans une norme de droit public, en l'espèce l'art. 16 al. 3 Ordonnance sur les AOP et les IGP (c. 4.5-4.5.3). À cet égard, il importe peu que l'obligation découle d'un impératif légal incontournable (une prescription technique au sens de l'art. 3 lit. b LETC) ou, comme dans le cas présent, d'un impératif commercial ; seul compte que cet impératif ait son siège, à l'instar du système de protection des AOP et des IGP, dans une matière réglementée par le droit public (c. 4.5.3). Il s'ensuit que la relation entre l'OIC et la recourante est soumise au droit public (c. 4.6). Que la compétence de rendre des décisions soit explicitement ou implicitement comprise dans la délégation de la tâche publique à un organisme extérieur à l'administration, il faut que cette délégation repose sur une base légale formelle (c. 5.1). Bien qu'aucune disposition légale ou réglementaire ne confère formellement à l'OIC le pouvoir de rendre des décisions à l'encontre des entreprises soumises à son contrôle, encore moins de leur infliger des sanctions en présence d'une irrégularité, un tel pouvoir décisionnel peut être déduit du renvoi de l'art. 7 al. 1 OAccD aux normes européennes de la série EN 45000. De plus, le Manuel de contrôle, qui fait partie intégrante de l'assurance qualité de l'OIC, prévoit expressément que l'OIC peut prendre les sanctions litigieuses. En tout état de cause, de telles sanctions se laissent implicitement déduire de la réglementation et elles apparaissent indispensables pour que l'OIC puisse utilement mener à bien ses activités de contrôle et de certification. Il faut donc admettre que les compétences déléguées à l'OIC incluent le pouvoir de rendre des décisions administratives, singulièrement des sanctions (c. 5.2). L'OIC doit ainsi être considéré comme délégataire d'une tâche publique et investi du pouvoir de rendre des décisions administratives — sujettes à recours auprès de l'OFAG (art. 166 al. 1 LAgr ; art. 180 LAgr ; c. 5.1) — à l'encontre des entreprises soumises à son contrôle (c. 5.3). Il n'appartient pas au TF, mais au législateur, de décider s'il ne serait pas préférable que la décision de la Commission de recours de l'OIC puisse être portée directement devant le TAF (c. 5.3). Le recours doit être admis et la cause renvoyée à l'OFAG pour qu'il examine la cause au fond et rende une décision (c. 6). Le TAF est invité à statuer à nouveau sur les dépens relatifs à la procédure qui s'est déroulée devant lui au regard de l'issue du litige (c. 6).