L'intimée n'ayant vendu les logiciels de la requérante qu'à l'étranger, il est peu crédible que la requérante subisse en Suisse un dommage qui ne serait pas chiffrable et réparable en argent par le biais d'une procédure ordinaire. La requérante ne démontre d'ailleurs ni qu'elle risque de subir un préjudice difficilement réparable ni qu'elle est menacée dans son image (puisqu'il est reconnaissable que les supports livrés par l'intimée à ses clientes ne sont pas des supports originaux de la requérante) (c. 4.2). L'épuisement (international) du droit de mise en circulation (art. 10 al. 2 lit. b LDA) d'un logiciel, prévu par l'art. 12 al. 2 LDA, touche toute aliénation définitive (sans limite dans le temps). La nature impérative de l'épuisement signifie qu'une clause contractuelle contraire (qui interdirait une remise en circulation) n'a d'effet qu'inter partes et n'empêche pas l'épuisement de se produire (c. 5.1). En l'espèce, vu les clauses contractuelles applicables, R GmbH — qui a obtenu de C GmbH (par téléchargement) les logiciels qu'elle a ensuite fixés sur les supports qu'elle a remis à l'intimée — a acquis les logiciels de la requérante de manière définitive (sans limite dans le temps, sans obligation de restitution et contre un paiement unique). Le droit de mettre en circulation ces logiciels est donc épuisé. N'y changent rien le fait que le contrat utilise le terme « licence » et le fait que R GmbH soit contractuellement tenue de faire une utilisation personnelle et de ne pas commercialiser les logiciels acquis. Sur le plan du droit d'auteur, la requérante ne peut donc rien faire contre la vente de ces logiciels par R GmbH à l'intimée et leur revente par l'intimée à des tiers (c. 5.1). L'épuisement prévu par l'art. 12 LDA se produit également dans le cas où le logiciel est téléchargé puis fixé sur un support par l'acquéreur lui-même (c. 5.1 in fine). Bien qu'il ne soit pas prévu expressément par la LPM, l'épuisement touche aussi le droit à la marque (c. 5.2). La requérante ne peut pas se fonder sur son droit à la marque (art. 13 LPM) pour empêcher la remise en circulation de logiciels acquis licitement par téléchargement puis fixés sur un support sur lequel la marque « A » de la requérante a été apposée (c. 5.2 in fine). « Lizenzurkunden » établis par l'intimée pour démontrer la provenance des logiciels ne suggèrent pas que la requérante a accordé une licence et n'entraînent pas l'application des art. 2 et 3 lit. b LCD (c. 5.3). À noter que, même si ces « Lizenzurkunden » devaient être considérés comme contraires à la LCD, l'intimée ne serait pas empêchée de revendre les logiciels litigieux (c. 5.3).

Un tribunal ne motive pas sa décision de manière inattendue et ne viole par conséquent pas le droit d'être entendue d'une partie (art. 29 al. 2 Cst.) lorsqu'il applique par analogie une disposition légale étrangère (en l'occurrence, le § 314 dBGB) que l'autorité de première instance avait elle-même directement appliquée (c. 3.1). L'obligation de motiver une décision (art. 29 al. 2 Cst.) n'impose pas à un tribunal de se prononcer sur tous les arguments juridiques des parties (c. 3.2). En cas de contestation de la validité de la résiliation d'un contrat de licence, il n'est pas arbitraire (art. 9 Cst.), dans le cadre d'une procédure de mesures provisionnelles, de prendre en considération le préjudice qui pourrait être causé non seulement à la requérante, mais également à l'intimée, et de procéder à un pesée d'intérêts (c. 4.1-4.3).

Vu la jurisprudence (ATF 134 I 83 [cf. N 439]) et en vertu du principe de la bonne foi (art. 9 Cst.), il ne peut pas être reproché aux recourantes de ne pas expliquer davantage en quoi consiste le préjudice irréparable (art. 93 al. 1 lit. a LTF) pouvant être causé par la décision — (incidente) sur mesures provisionnelles — attaquée. Ce n'est en effet que dans l'ATF 137 III 324 (cf. N 208) (publié au Recueil officiel après le dépôt du présent recours en matière civile) que le TF précise que, dans un recours au TF contre une telle décision, le recourant doit démontrer dans quelle mesure il est concrètement menacé d'un préjudice irréparable de nature juridique (c. 1.1). S'agissant des injonctions sous menace des peines de l'art. 292 CP, les recourantes ne démontrent pas qu'elles sont exposées à un préjudice (de nature juridique) qu'une décision finale favorable ne pourrait pas faire disparaître entièrement (c. 1.1). Les questions de savoir s'il existe un risque qu'un moyen de preuve disparaisse et si ce risque justifie l'administration d'une preuve à futur (art. 158 CPC) touchent le bien-fondé de la requête et ne peuvent donc pas être tranchées au stade de la recevabilité du recours. Ce n'est qu'en cas d'admission du recours — qui concerne aussi bien des injonctions que la conservation de preuves — et de réforme (art. 107 al. 2 LTF) qu'il faut dire si le recours est partiellement irrecevable (c. 1.1 in fine). En raison de la connexité entre les différents fondements de la requête, la prétention fondée sur le droit du travail relève également (art. 15 al. 2 CPC) de l'instance cantonale unique appelée à statuer sur les actions fondées sur la LDA et la LCD (art. 5 al. 1 CPC) et le recours au TF n'est pas soumis à l'exigence d'une valeur litigieuse minimale (art. 74 al. 2 lit. b LTF) (c. 1.2). En se basant en partie sur de simples suppositions, les recourantes ne parviennent pas à démontrer que l'état de fait cantonal omet de manière arbitraire (art. 9 Cst.; c. 2.1.1) des faits importants propres à modifier la décision attaquée (c. 2.1.2) ou retient arbitrairement certains faits (c. 2.1.3). Il n'y a par ailleurs rien d'arbitraire à considérer avec circonspection les déclarations du représentant des recourantes et à admettre qu'elles ne peuvent pas fonder la vraisemblance exigée (c. 2.1.3-2.1.4). Le refus des mesures provisionnelles se justifie pour le seul motif que les recourantes ne sont pas parvenues à rendre vraisemblable que leurs droits étaient l'objet d'une atteinte ou risquaient de l'être (art. 261 al. 1 lit. a CPC), sans qu'il ne soit nécessaire de se pencher sur la question de la titularité des droits d'auteur (c. 2.1.5). La motivation de la décision attaquée est suffisante (art. 29 al. 2 Cst.; c. 2.2.1) puisqu'elle montre clairement que les mesures provisionnelles sont refusées en raison du fait que les recourantes ne rendent pas vraisemblables les faits (exploitation de façon indue du code-source de logiciels) permettant l'application de l'art. 6 LCD (c. 2.2.2). La cour cantonale a également suffisamment motivé (art. 29 al. 2 Cst.) son refus d'ordonner des preuves à futur (art. 158 CPC) (c. 2.2.3).

Devant le TF, une réplique ne peut pas être utilisée pour améliorer ou compléter un recours (art. 42 al. 1 LTF, art. 43 LTF, art. 102 al. 3 LTF) (c. 1). Bien qu'elle ait été rendue après la décision finale, la décision attaquée (par laquelle l'Obergericht TG refuse de rectifier un procès-verbal d'audience) peut être considérée comme une décision incidente. Dans son recours, la recourante ne démontre pas que la décision attaquée est susceptible de lui causer un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 LTF. Peut toutefois rester ouverte la question de savoir si cette décision peut faire l'objet d'un recours en matière civile (c. 2). La demande de rectification du procès-verbal d'audience est en effet tardive ; elle aurait dû être faite dans le cadre du recours contre la décision finale. La recourante n'invoque par ailleurs pas de motifs de recours (art. 95-97 LTF) clairs (c. 3).

Le recours en matière civile est ouvert contre les décisions finales (art. 90 LTF). Une décision en matière de mesures provisionnelles est une décision finale si elle a été prononcée dans une procédure indépendante. Il s’agit en revanche d’une décision incidente si elle a été prononcée dans le cadre d’une procédure principale ou si son effet n’excède pas la durée de celle-ci (art. 93 LTF). Un recours en matière civile n’est ouvert que si elle peut causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 lit. a LTF). En l’espèce, le recours en matière civile est ouvert contre la décision attaquée. Il n’y a donc pas lieu d’entrer en matière sur le recours constitutionnel déposé à titre subsidiaire (art. 113 LTF) (c. 3.1). Le droit d’être entendu (art. 29 Cst.) exige que l’autorité fonde ses décisions sur une motivation minimale, y compris pour des mesures provisionnelles (c. 4.1). Une telle décision doit indiquer dans sa motivation quel droit dont peut se prévaloir le requérant a vraisemblablement été lésé et d’après quelles bases légales. Dans le cas d’espèce, une décision d’interdiction en raison d’un risque de confusion ne remplit pas les exigences minimales de motivation si elle ne mentionne pas sur quelles dispositions de la LPM ou de la LCD elle se fonde. En effet, l’autorité inférieure conclut à un risque de confusion indirect,mais, dès lors que la requérante conteste l’existence d’une marque « BOTOX » pour des cosmétiques, elle aurait dû examiner si la protection des signes en cause est revendiquée pour des produits similaires et, dans la négative, si la marque « BOTOX » est une marque de haute renommée au sens de l’art. 15 LPM (c. 4.2.3). En niant que la Cour civile a négligé de respecter les exigences minimales de motivation, la Cour d’appel cantonale a violé le droit d’être entendue de la recourante (c. 4.2.4).

Les mesures provisionnelles sont particulièrement importantes pour empêcher la survenance d'un dommage difficilement réparable lorsqu'une violation de la LCD est invoquée. L'interdiction de transférer une marque ou un nom de domaine pendant la durée du procès au fond permet d'éviter qu'un préjudice difficilement réparable ne se produise et ne lèse les intérêts de la requérante. La requérante, qui agit en principal en cession d'un nom de domaine, subirait un préjudice si, avant l'entrée en force du jugement au fond, la défenderesse venait à radier ce nom de domaine ou à le transférer à un tiers.

Dès lors qu'un risque de confusion en matière de signes distinctifs est généralement propre à engendrer une perturbation de marché ainsi que d'autres dommages immatériels, la violation d'une marque entraîne presque toujours des dommages difficilement réparables (c. 3). En cas de conflit entre une marque et une raison sociale incluant un patronyme, le principe du droit au nom n'est pas prééminent, mais une pesée doit être effectuée entre les intérêts en présence (c. 4). L'urgence relative que requiert l'octroi de mesures provisionnelles n'est donnée que s'il apparaît que la procédure de mesures provisionnelles sera terminée avant le moment où le procès ordinaire introduit en temps utile aura pris fin (c. 6.1). En vertu de l'exigence de proportionnalité à laquelle sont soumises les mesures provisionnelles, seule l'utilisation de l'élément distinctif à l'origine du risque de confusion doit être interdite et non pas purement et simplement l'usage de la raison sociale contenant cet élément (c. 6.2).

À la différence d'une décision rendue dans une procédure de mesures provisionnelles indépendante (qui constitue une décision finale au sens de l'art. 90 LTF), une décision portant sur des mesures provisonnelles rendue avant ou — comme en l'espèce — pendant une procédure principale constitue une décision incidente au sens de l'art. 93 LTF (c. 1.1). C'est au recourant de démontrer que les conditions posées par l'art. 93 al. 1 LTF sont remplies (c. 1.2). À défaut d'une motivation suffisante — la recourante ne s'exprime ni sur la nature de la décision (de rejet d'une requête de mesures provisionnelles en matière de droit des marques) attaquée, ni sur la possibilité de l'attaquer par la voie du recours en matière civile, ni sur les conditions de l'art. 93 al. 1 LTF (la recourante ne dit notamment pas en quoi la décision attaquée est susceptible de lui causer un préjudice irréparable) —, le TF n'entre pas en matière sur le recours en matière civile (c. 1.3).

Dans le récent ATF 137 III 324 (cf. N 208), rendu après le dépôt du présent recours, le TF a remis en question sa jurisprudence (ATF 134 I 83) selon laquelle une décision incidente portant sur des mesures provisionnelles était susceptible de causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 lit. a LTF) et pouvait sans autre faire l'objet d'un recours au TF. Le TF exige désormais du recourant qu'il démontre qu'une telle décision est, dans le cas concret, susceptible de lui causer un préjudice irréparable de nature juridique (art. 93 al. 1 lit. a LTF). En l'espèce, la recourante devant encore pouvoir se fier à l'ATF 134 I 83, la condition posée par l'art. 93 al. 1 lit. a LTF doit, conformément aux règles de la bonne foi, être considérée comme remplie (c. 1.1). La recourante exploite une brasserie et un restaurant ; elle a confié l'exploitation du restaurant à l'intimée. Dans sa décision de refus de mesures provisionnelles, l'Obergericht LU ne viole pas l'art. 9 Cst. en considérant que le concept de la recourante (une brasserie liée à un restaurant) n'est pas affecté par le fait que l'intimée n'utilise plus, en lien avec ses services de restauration, les signes utilisés par la recourante (pour sa bière, sa brasserie et son restaurant) (cf. Fig. 158a), mais un nouveau signe (cf. Fig. 158b) (qu'elle a déposé comme marque) très similaire à ceux de la recourante (c. 2.2). L'Obergericht LU ne viole pas non plus l'art. 9 Cst. en considérant que l'intimée continue à vendre la bière de la recourante ; la bière est certes vendue en lien avec le nouveau signe de l'intimée, mais ce nouveau signe est très similaire à ceux de la recourante (c. 2.3). En estimant que les affirmations de la recourante au sujet du prétendu préjudice qu'elle subit (notamment une perte de réputation ainsi qu'une violation du droit au nom et du droit de la personnalité) sont trop peu concrètes, l'Obergericht LU ne viole pas le droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst. ; c. 3.1) de la recourante (c. 3.3-3.6). L'Obergericht LU n'applique pas de façon arbitraire l'art. 261 al. 1 lit. b CPC en considérant que la recourante ne rend pas vraisemblable que le comportement de l'intimée risque concrètement de lui causer un préjudice difficilement réparable (c. 4-4.1). Enfin, du fait que la recourante écoule sa bière presque exclusivement par l'intermédiaire de l'intimée et qu'elle n'est donc pas véritablement entrée sur le marché, il n'est pas arbitraire de considérer que la recourante ne rend pas vraisemblable une perturbation de son marché (c. 4.2).

Une décision par laquelle l'IPI refuse de suspendre une procédure d'opposition est une décision incidente (c. 1.1) contre laquelle un recours au TAF est recevable. Cette décision est en effet clairement susceptible de causer au recourant un préjudice irréparable (art. 46 PA) car, en l'absence de suspension de la procédure d'opposition, le recourant court le risque que sa marque (attaquée) — identique à la marque opposante et destinée à des produits identiques — soit radiée (c. 1.2-1.3). Est une raison suffisante pour suspendre la procédure d'opposition le fait que, entre les parties à la procédure d'opposition, une autre procédure — dans laquelle la recourante fait valoir à titre reconventionnel la nullité de la marque (opposante) de l'intimée et dont l'issue a donc une importance préjudicielle pour la procédure d'opposition — est pendante devant le Handelsgericht du canton A. (c. 2.1-2.2.3). Le TAF n'a pas à faire de pronostic au sujet de la procédure introduite devant le Handelsgericht du canton A.; il doit se limiter à examiner si des raisons suffisantes justifient la suspension de la procédure d'opposition (c. 2.2). Est déterminante la situation au moment de l'arrêt du TAF (c. 2.2.2). Le recours est admis, la décision incidente de refus de suspendre la procédure d'opposition annulée et la procédure d'opposition suspendue jusqu'à l'entrée en force d'un jugement (relatif à la demande reconventionnelle de la recourante) dans la procédure introduite devant le Handelsgericht du canton A. (c. 3).

Le recours contre une décision déclarant une demande irrecevable (sur la base d'une motivation principale) et mal fondée (sur la base d'une motivation subsidiaire) est irrecevable s'il ne s'en prend pas (art. 42 al. 2 LTF) à la motivation subsidiaire (c. 1.2). Le simple dépôt de conclusions communes par plusieurs personnes juridiques ne suffit manifestement pas à fonder entre elles une consorité matérielle nécessaire. Sous peine de vider de son sens la distinction entre consorité simple et consorité nécessaire, le but commun ne peut pas consister uniquement à exercer une action conjointement. Est ainsi irrecevable (art. 7 al. 1 LPC/GE) une demande dans laquelle les demanderesses prennent des conclusions communes alors que, même si elles appartiennent au même groupe de sociétés, elles n'alléguent pas un dommage commun, mais un préjudice propre à chaque société, résultant au surplus de prétendues violations de dispositions différentes selon la demanderesse en cause (droit de la propriété intellectuelle ou droit de la concurrence déloyale) (c. 2.1-2.2). Du fait que le TF confirme la motivation principale (demande irrecevable) de la décision attaquée, la motivation subsidiaire (demande mal fondée) — que le TF n'a pas à examiner étant donné que la demande est jugée irrecevable — de la décision attaquée perd toute portée. Elle n'est pas implicitement confirmée par le rejet du recours par le TF et ne participe dès lors pas de l'autorité de la chose jugée (c. 3.2).

Une décision sur preuves, concernant le cercle des personnes à qui adresser des sondages d'opinion destinés à déterminer si la marque contestée s'est imposée, ne peut être portée de manière indépendante devant le TF au sens de l'art. 93 al. 1 lit. a LTF parce qu'elle n'est pas susceptible de causer un préjudice de nature juridique irréparable. L'art. 93 LTF ne doit pas être interprété de manière extensive de façon à couvrir aussi les préjudices de fait, comme la prolongation de la procédure ou l'augmentation de ses coûts (qui ne sont pris en considération que dans le cadre de l'art. 93 al. 1 lit. b LTF). Même l'éventuelle dilution de la force distinctive de la marque de la demanderesse pendant la durée prolongée de la procédure n'est pas un dommage d'ordre juridique au sens de l'art. 93 al. 1 lit. a LTF, puisqu'il est possible de pallier ce désavantage par les mesures provisoires de l'art. 59 LPM.

Dans le cadre d'une procédure d'opposition, la décision incidente par laquelle l'IPI invite l'opposant à compléter son opposition et à payer la taxe d'opposition ne cause pas de préjudice irréparable aux défendeurs (recourants) au sens de l'art. 46 al. 1 lit. a PA ; par ailleurs, l'admission d'un recours contre cette décision ne pourrait pas conduire immédiatement à une décision finale au sens de l'art. 46 al. 1 lit. b PA. Le recours contre cette décision incidente est dès lors manifestement irrecevable (art. 23 al. 1 lit. b LTAF).

Est irrecevable le recours en matière civile contre la décision de refus d'accorder l'effet suspensif à un appel cantonal (contre une ordonnance de mesures provisionnelles basée sur le droit des designs), car la recourante se limite à affirmer que cette décision incidente lui cause un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 lit. a LTF), sans la moindre tentative de démonstration. Un tel préjudice n'est de loin pas évident étant donné que, si l'interdiction (de commercialiser des chaussures) prononcée dans l'ordonnance de mesures provisionnelles se révélait infondée, la recourante pourrait reprendre l'activité interdite et demander aux intimées, dont la solvabilité n'est pas contestée, des dommages-intérêts pour les pertes subies (c. 1).

Les conditions posées à l'art. 47 al. 1 et 2 LBI doivent être cumulativement remplies pour conduire à l'admission de la demande de réintégration en l'état antérieur (c. 3 in fine). Le délai de deux mois prévu à l'art. 47 al. 2 LBI commence à courir avec la fin de l'empêchement, c'est-à-dire lorsque le titulaire du brevet aurait dû se rendre compte de l'omission de l'acte et aurait eu la possibilité d'accomplir l'acte omis en faisant preuve de la diligence commandée par les circonstances (c. 4-4.1). Dès décembre 2005, par ses nombreuses interventions et ses réitérées tentatives de se renseigner sur la situation de ses brevets, le recourant démontre qu'il avait conscience du fait que la 9ieme annuité pouvait ne pas avoir été payée. Il est dès lors manifeste que l'empêchement a pris fin (art. 47 al. 2 LBI) au plus tard en juin 2006, lorsque le recourant a été avisé, par la responsable des annuités de l'Institut national français de la propriété industrielle (INPI), de la caducité de son brevet (c. 4.1). Le recourant ne peut pas se prévaloir de son ignorance du droit (c. 4.1). La notification de la décision de radiation du brevet de l'IPI doit être considérée comme irrégulière, car l'IPI n'est pas en mesure de la prouver. Ce vice n'entraîne toutefois pas la nullité de l'acte étant donné que — le recourant ayant été avisé de la caducité de son brevet en juin 2006 déjà (c. 4.1), avant même que la décision n'ait (prétendument) été envoyée au mandataire suisse du recourant par l'IPI — la notification irrégulière n'a pas causé de préjudice au recourant (c. 4.2.3). La demande de réintégration en l'état antérieur (art. 47 LBI) déposée le 30 mai 2007 doit dès lors être considérée comme tardive et le recours être rejeté pour ce premier motif déjà (c. 4.2.4). Le comportement des auxiliaires du recourant — qui ont fait preuve d'un sérieux manque de diligence (en ne prenant manifestement pas, dans le cadre d'un changement de système informatique, les mesures adéquates afin de garantir une reprise correcte des données relatives aux brevets gérés et en ne s'assurant pas du paiement régulier de la 9ieme annuité du brevet en cause alors qu'ils avaient été alertés par le recourant au sujet d'une possible erreur) — ne peut être qualifié d'excusable et doit être imputé au titulaire du brevet (c. 5.2-5.3). Le recourant n'a pas rendu vraisemblable qu'il a été empêché, sans sa faute, d'observer le délai pour payer la 9ieme annuité de son brevet de sorte que son recours doit également être rejeté pour ce motif (c. 5.3).